Desa Karanganyar dalam pembuatan peraturan dan penataannya diorganisir oleh 14 perangkat desa dan 6 Kepala Dusun (Kasun) dengan tugas dan fungsi masing-masing. Desa Karanganyar terbagi menjadi 6 (enam) Dusun yang terdiri dari :
- Dusun Jembatan Kecil
- Dusun Blok Pasar
- Dusun Krajan
- Dusun Trebung
- Dusun Song Tengah, dan
- Dusun Song Barat
Dibawahnya terdapat 6 RW dan 26 RT.
Susunan organisasi pemerintahan Desa terdiri dari kepala Desa perangkat Desa yaitu sekretaris Desa, bidang urusan, pelaksana tekhnis lapangan dan unsur kewilayahan.
- Kepala Desa : 1 Orang
- Perangkat Desa : 13 Orang
- Sekretaris Desa : 1 orang
- Bidang urusan : 3 orang
- Pelaksana teknis : 3 orang
- Pelaksana kewilayahan : 6 orang
- Operator Desa : 1 Orang